المسجد الأثري في العين هو مسجد أثري اكتشف بالقرب من موقع بناء مسجد الشيخ خليفة بن زايد في مدينة العين التابعة لإمارة أبوظبي في دولة الإمارت العربية المتحدة. يعود تاريخ بناء المسجد إلى القرن العاشر أو الحادي عشر الميلادي وذلك خلال فترة الخلافة العباسية، حيث يعتبر أقدم مسجد مكتشف حتى الآن في دولة الإمارات.