كنيسة الثالوث الأقدس هي كنيسة تاريخية تتبع الكنيسة الأرثوذكسية وتقع فوق رابية تطل على مدينة بيرات في مقاطعة بيرات، ألبانيا. يعود تاريخ بناء الكنيسة إلى الفترة البيزنطية في القرن الثالث عشر الميلادي. تم تسجيل الكنيسة في قائمة اليونسكو للتراث العالمي في عام 2005 كجزء من المركزين التاريخيين لبيرات وجيروكاسترا.