عين شمس الدين هو موقع أثري يقع في واحة الخارجة في مصر. الموقع عبارة عن مستوطنة قديمة تعود إلى الفترات الرومانية والمسيحية بين القرنين الأول والخامس الميلاديين. يضم الموقع بقايا كنيسة أثرية من القرن الرابع الميلادي، حيث تعتبر واحدة من أقدم الكنائس في مصر.